Lai gan probiotikas tiek uzskatītas par labvēlīgām veselībai, dažiem cilvēkiem sākotnējā šo mikroorganismu uzņemšana var izraisīt virkni neērtu simptomu. Pirmoreiz lietojot probiotikas, dažiem cilvēkiem var rasties tādi simptomi kā vēdera uzpūšanās, caureja, galvassāpes, drudzis, muskuļu sāpes, smadzeņu migla un, iespējams, trauksme. Tiek uzskatīts, ka šie simptomi ir reakcija uz izmaiņām, kas notiek organismā, piemēram, potenciālo patogēnu iznīcināšanu vai zarnu reakciju atkārtotu aktivizēšanos, kas dažkārt tiek saukta par "Herksheimera reakciju".
Herksheimera reakcija ir sākotnējā reakcija, kas parasti norāda uz ķermeņa pielāgošanos jaunai mikrobu videi. Tas var būt saistīts ar probiotiku mijiedarbību ar esošo mikrobu kopienu, izraisot baktēriju nāvi vai metabolītu izdalīšanos, kas izraisa šos simptomus. Lai gan šī reakcija ir neērta, tā parasti ir īslaicīga un ātri izzūd. To var uzskatīt par daļu no ķermeņa homeostāzes procesa.
Tas parasti skar tikai nelielu skaitu cilvēku, simptomi ir viegli un parasti ilgst tikai no dažām dienām līdz dažām nedēļām. Ja šie simptomi rada diskomfortu, varat samazināt devu vai pārtraukt tās lietošanu uz dažām dienām, pirms mēģināt vēlreiz; ja šie simptomi saglabājas ilgāk par dažām nedēļām, pārtrauciet to lietot; ja Jums ir elpas trūkums, saspiests kakls, nātrene vai citi alerģisku reakciju simptomi, lūdzu, nekavējoties pārtrauciet to lietot. Lai samazinātu blakusparādību iespējamību, īpaši tiem, kam ir jutīga gremošanas sistēma, ir prātīgi sākt ar nelielu daudzumu probiotiku un pēc tam palielināt devu dažu nedēļu laikā.
Probiotikas jālieto īpaši piesardzīgi tiem, kam ir smagi imūndeficīti, jo retos gadījumos probiotiku uzņemšana var izraisīt infekciju. Tas ir tāpēc, ka imūnsistēma nevar efektīvi kontrolēt mikroorganismu vairošanos organismā, izraisot infekcijas risku.
Dažiem cilvēkiem var būt alerģiskas reakcijas pret noteikta veida probiotikām, īpaši rauga sēnītēm, kas saistītas ar Saccharomyces boulardii. Cita veida probiotikas, piemēram, laktobacilli, parasti neizraisa alerģiskas reakcijas.
Dažas probiotikas var ražot histamīnu gremošanas traktā. Pārmērīga histamīna izdalīšanās var izraisīt tādus simptomus kā nieze, pastiprināta asaru izdalīšanās, iesnas, apgrūtināta elpošana, apsārtums un pietūkums, īpaši tiem, kam ir histamīna nepanesamība. Izvairieties no šiem probiotikas celmiem, lai novērstu diskomfortu.