Ir deviņas problēmas, kurām jāpievērš uzmanība, iekļaujot probiotikas pārtikas matricās. Tie ir: 1. celmu izvēle, 2. celmu ražošana, 3. kā inokulēt pārtiku, 4. kā nodrošināt izdzīvošanu pārstrādes laikā, 5. kā izvairīties no dzīvotspējas zuduma uzglabāšanas laikā, 6. kā aprēķināt [probiotikas] Koloniju skaitu, 7. Ietekme uz pārtikas maņu īpašībām, 8. [Produkta saglabāšana] stabilitāte patērētāju mājās, 9. Un spēlē lomu kuņģa-zarnu traktā.
Konkrēti, sulās organiskās skābes bieži noved produkta pH zem 4, kas kavēs probiotiku izdzīvošanu. Izvēloties, jāņem vērā tās probiotikas, kas panes zemu pH līmeni, piemēram, Lactobacillus virs Bifidobacterium.